Laboratorium kimia SMA Gonzaga digunakan sebagai sarana pengembangan psikomotorik yang diharapkan dapat menguatkan aspek kognitif siswa. Pembelajaran di kelas menjadi lebih efektif jika siswa dapat mengaplikasikan teori yang mereka dapat melalui percobaan.
Diharapkan juga dari praktikum di laboratorium membuat siswa dapat mengkonstruksi pemikiran mereka sehingga output dari proses kerja mereka membuat siswa tidak sekedar ingat akan teori yang sudah didapat melainkan paham secara mendalam.
Laboratorium kimia yang ada memiliki alat dan bahan yang sudah lengkap untuk standar laboratorium kimia dasar SMA mulai dari peralatan gelas sampai bahan kimia yang dipakai dalam pembelajaran.