Kolese Gonzaga dan Seminari Wacana Bhakti adalah dua unit karya yang berbeda tetapi bertalian satu sama lain. Keduanya merupakan kesatuan yang tidak terpisahkan di bawah Keuskupan Agung Jakarta. Seminari Wacana Bhakti menampung dan mendidik para calon imam di tingkat menengah. Di kelas X , XI dan XII para seminaris mengikuti pendidikan di Kolese Gonzaga.
Pada awalnya direncanakan sebuah seminari menengah di Keuskupan Agung Jakarta, namun kemudian dipikirkan bahwa mendirikan seminari akan menjadi terlalu mahal biaya operasionalnya. Sebuah SMA akhirnya didirikan bersamaan dan berdampingan dengan seminari di atas tanah seluas 2,8 hektar di wilayah Pejaten Barat ini. Semula tanah ini adalah tanah milik Keuskupan Agung Jakarta atas nama Mgr. A. Djajaseputra, SJ Uskup Agung Jakarta. Atas prakarsa Mgr. Leo Soekoto, SJ, pengganti Mgr. Djajaseputra, SJ, dibentuklah sebuah panitia kecil untuk pembangunan kompleks seminari dan SMA. Pengajuan izin untuk mendirikan bangunan sudah dimulai sejak tahun 1978, namun baru lima tahun kemudian izin keluar. Maka sejak saat itu panitia kecil yang telah ditunjuk terus bekerja keras, menghimpun dana, dan mengadakan studi- studi untuk merencanakan pembangunannya. Tidak lebih dari dua tahun (1986-1987), seluruh kompleks Seminari yang dirancang oleh Ir. Wanda Basuki ini selesai dikerjakan.
Pada tanggal 15 Juli 1987, Seminari dan SMA yang pada awalnya bernama SMA Kanisius Unit Selatan ini menerima murid angkatan pertama. Para seminaris langsung mengikuti proses belajar mengajar bersama dengan teman-teman mereka di SMA. Satu tahun kemudian dirasa perlu adanya nama lain yang kiranya dapat menjadi ciri khas sekolah yang beralamat di Jln. Pejaten Barat 10 A ini. Akhirnya dipilihlah nama KOLESE GONZAGA. Nama ini diambil dari penggalan nama Santo Pelindung, yakni St. Aloysius Gonzaga (lihat Riwayat singkat St. Aloysius Gonzaga).
Tanggal 3 November 1988 merupakan hari bersejarah bagi Kolese Gonzaga. Pada hari itu sekolah diresmikan oleh Mgr. Leo Soekoto, SJ bersama dengan Bapak Mochtar Zakaria, Wali Kota Jakarta Selatan. Berkat kerja keras P. J. Drost, SJ, Kepala Sekolah yang sekaligus Rektor pertama bersama seluruh staf pengajar dan karyawan, tiga tahun kemudian tepatnya pada tanggal 9 Januari 1991, Kolese Gonzaga mendapatkan status disamakan dari pemerintah.
Semenjak itu upaya-upaya pengembangan pendidikan di Kolese Gonzaga dan Seminari Wacana Bhakti ini terus ditingkatkan. Mulai tahun 1990, untuk memberikan nuansa pergaulan para remaja yang wajar baik bagi para seminaris maupun para siswa Gonzaga pada umumnya, mulailah Kolese Gonzaga menerima putri. Bagi para seminaris sendiri diharapkan agar sejak dalam proses pendidikan awal tidak menjadi canggung bergaul dengan kaum perempuan. Apalagi dalam medan pelayanan imamat kelak mereka pun mesti berhadapan secara wajar. Bagi para siswa pun diharapkan agar sejak awal mereka dapat mengalami pergaulan yang wajar.
Setelah P. J. Drost SJ (1987-1991) berturut – turut Kolese Gonzaga dipimpin oleh P. R. Murtisunu Wisnumurti, SJ (1991-1993), Br. Budihardjo, SJ (1993-2000), P. J Heru Hendarto, SJ (2000-2009), P. A. Hendro Subekti, SJ (2009), P. Sigit Widisana, SJ (2009-2011), P. Leonardus Evert Bambang Winandoko, SJ (2011-2018), P. Paulus Andri Astanto SJ (2018-2022), dan P. Eduard C. Ratu Dopo, SJ (2023 – sekarang).
The Rebel Prince Gonzaga College
