Laboratorium Fisika sebagai tempat pengembangan aplikasi dari pengetahuan yang sudah dikuasai oleh siswa-siswi SMA Gonzaga. Berbagai alat praktik Fisika sudah tersedia terutama yang sesuai dengan standar psikomotorik yang harus dikuasai oleh para lulusan SMA Gonzaga. SMA Gonzaga sangat mengupayakan agar Laboratorium Fisika ini dapat dijadikan sarana untuk mengembangkan talenta siswa-siswi melalui eksperimen-eksperimen yang dapat dilakukan pada pelajaran Fisika ini. Diharapkan, para siswa setelah melanjutkan ke perguruan tinggi atau di dalam kehidupan sehari-hari memiliki wawasan yang cukup baik.